次世代遺伝子発現目次 AOE を公開しました

DBCLS では、データベースを日々利用する研究者にその価値を届けるためにウェブサービスやコンテンツの充実を図っています。これまで DBCLS では、遺伝子発現バンク(GEO)目次としてNCBIで維持されている遺伝子発現データベース GEO (Gene Expression Omnibus) を簡単に使うインターフェースを提供してきました。一方、EBI (European Bioinformatics Institute) でも遺伝子発現データベース ArrayExpress (http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/) が維持され、GEO のデータが順次取り込まれてきた結果、ArrayExpress の方が GEO よりもデータ数が多くなっています。その現状を鑑み、遺伝子発現目次のソースとしてこちらを使うことを DBCLS では検討してきました。

 

この度新規に、ArrayExpress のメタデータから統計値を集計し、作成したグラフからインタラクティブに該当するデータを閲覧できるインターフェースを開発しました。2014年度より国立遺伝学研究所のある静岡県に異動したDBCLSの一部のチームによって作成されたこともあり、システム名はAOE (All Of gene Expression) 「あおい」(http://aoe.dbcls.jp/)と名づけました。とくに、次世代シーケンサーより得られた配列データ(SRA)による発現情報が簡単に取得できることが特徴となっています。

 

まだベータ版で動作が不安定な点もありますが、ぜひご活用ください。