MeSH ORA framework に関する論文が発表されました

マイクロアレイやRNA-Seq等の発現解析では、発現変動のあった遺伝子グループについて生物学的に解釈するため、どのようなGeneOntology(GO)の語が有意に付与されているか、のORA解析(over-representation analysis。Enrichment 解析ともいう)がよく行われます。
 
DBCLSでは、疾患や解剖学用語をカバーするMeSH termsのキーワードを用いて遺伝子の機能情報をプロファイル表示することによって、ORA解析による解釈の幅を広げることができるウェブツール
Gendoo ( http://gendoo.dbcls.jp/ )を開発し公開しています。
 
今回、理化学研究所・東京理科大学のグループを中心にこのプロファイルデータを用いた解析を統計解析言語であるR言語/Bioconductor環境下で行うためにパッケージ化したMeSH ORA frameworkについての論文「MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis」がBMC Bioinformatics誌から公開されました。論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。
http://doi.org/10.1186/s12859-015-0453-z
BMC Bioinformatics 2015, 16:45 doi:10.1186/s12859-015-0453-z
 
DBCLSからは、Gendooの開発者である 仲里 猛留 特任助教が参加し、プロファイルデータの作成を中心に貢献しています。どうぞご覧ください。