イベント
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第2回RDF講習会(2017年10月6日)を開催します。
NBDCとライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）では、多種多様な生命科学データベースを統合して利活用するための技術開発や環境整備に取り組んでおり、そのためにRDFを含むセマンティックウェブ技術の応用を推進しています。その一環として、これまで、フルRDF形式で実装したゲノムデータベースTogoGenomeや、アプリケーション開発フレームワークTogoStanza、日本で開発されたRDFデータのリポジトリNBDC RDFポータル等を公開してきました。 また昨年は、RDFの普及活動として「第1回 RDF 講習会」を開催し、RDFの入門、生命科学データベースRDF化の取り組み、RDFデータベースへの問い合わせ言語SPARQL等について講義を行いましたが、本年度もトーゴーの日と連続して「第2回 RDF 講習会」を開催します。今回はRDFの作り方をテーマにしました。基礎から解説する予定なので、特に事前知識は必要ありません。ご自身のデータをRDF化する方法、また、作成したRDFデータを既存のRDFデータと統合して利用する方法にご興味のある方は、ふるってご参加ください。 【日時】10月6日（金）10：00～16：00 【会場】JST東京本部別館2階会議室A-2（東京都千代田区五番町7 K’s 五番町） 【主催】情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） 【共催】科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC） 【参加費】無料 【参加登録】参加登録フォームからお申し込みください。 (申込締切10月2日(月)17:00まで。参加希望者多数の場合は抽選。参加可否は10月3日中にお知らせします) 【ウェブサイト】http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2 みなさまのご参加をお待ちしています。
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統合データベース講習会：AJACS河内（2017年8月24日）の参加者募集中です
関西医科大学 第一講義室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催､DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。 現在参加者募集中です。 (申込締切：8月14日(月)まで) 今回の講習会では、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方に加えて、パスウェイデータベース、遺伝子発現データベース、次世代シーケンサー解析、データ可視化について紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。 DBCLSからは、箕輪 真理、坊農 秀雅、仲里 猛留 が講師として参加します。 プログラムの詳細ならびにお申し込みは AJACS河内のページをご覧ください。
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統合データベース講習会AJACSa4つくば 開催のお知らせ
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、AJACSadvanced講習会を実施しています。その一つとして今回、農業生物におけるゲノム配列利用講習会を以下の日程にて行います。詳細は以下をご覧ください。 日時: 2017年8月10日(木) 場所: 農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター (〒305-8601 茨城県つくば市観音台２丁目１−９) 展示会議室(午前)、情報共同利用館(電農館) 3Fセミナー室 参加費: 無料 共催: 農研機構生物機能利用研究部門・SIP次世代育種技術コンソーシアム、ライフサイエンス統合データベースセンター 午前 講演（事前登録不要） 10:20-10:30 共催機関あいさつ 10:30-12:00 講演 (講師: 坊農秀雅(DBCLS)) 統合データベース活動が提供するサービスの紹介 次世代シーケンサから得られる塩基配列のデータアーカイブ Sequence Read Archive(SRA)とその使い方 午後 ハンズオン講習 （参加登録必要:会場キャパの関係上応募者多数の場合は受講をお断りする場合がございますのであらかじめご了承ください） 13:00-16:00 講習会 (講師: 内藤雄樹(DBCLS)) 遺伝子や塩基配列を検索するためのデータベース・ウェブツール（ゲノムブラウザー, GGRNA, GGGenome, 他） ゲノム編集に役立つデータベース・ウェブツール（CRISPRdirect, 他） 研究を効率化するウェブツール 17:00 部屋閉鎖 詳細や参加登録はこちらのウェブサイトからお願いします。 人数多数の場合は、各グループからの人数を調整させていただく場合があります。 なにかご不明な点などありましたら「お問い合わせ」からご送信下さい。
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トーゴーの日シンポジウム2017 ポスター発表参加者募集
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)では、毎年10月5日を「トーゴーの日」とし、ライフサイエンス分野のデータベース統合にまつわる問題をともに考え、議論を深めるシンポジウムを開催しています。 2017年度の「トーゴーの日シンポジウム2017～バイオデータベース:「作る」から「使う」へ～」では、生命科学系コンテンツに関する研究開発プログラムの開発成果を報告するとともに、データベース統合とその利活用について各分野の先生方にご講演いただきます。さらにデータベース利用者の方々による活用事例のご紹介や、国内のデータベース関係者によるポスター発表などを10月4日、5日の2日間にわたり予定しています。 そこで、本シンポジウムをより実りあるものにするため、ライフサイエンス分野にかかわらず日本国内でデータベースの開発や運用に携わる方々、あるいはデータベースを様々な形で研究に利用しているユーザの方々にご発表いただき、シンポジウム参加者とデータベースについて幅広く議論していただければと考え、ポスター発表参加者を下記募集要領のとおり広く募集いたします。特に、ユーザから活用例をご紹介いただくことは、データベースの利活用を促進し、また、今後のデータベースの開発・運用にとっても大変参考になると考えます。多くの方からの応募をお待ちしています。 1次データベースの構築・運用 複数のデータベース組み合わせ等の2次データベースの構築・運用 データベースを利用したツール開発(解析、可視化等) データベース利用による研究の効率化 【募集要項】http://events.biosciencedbc.jp/sympo/togo2017-poster-registration (申込締切:2017年7月3日(月)まで) みなさまのご参加をお待ちしています。
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BioHackathon 2017 参加登録開始のご案内
JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) とライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) が主催する BioHackathon は、バイオインフォマティクスに関連する技術開発を1週間の合宿形式で行う会議です。本年はシンポジウムを 9/9-10 に東京で、ハッカソンをいわて東北メディカル・メガバンクのご協力で、9/11-16 に岩手県盛岡市にて開催します。 The 10th NBDC/DBCLS BioHackathon http://2017.biohackathon.org/ 日程: * 9月9日 (土) 〜 10日 (日) 公開シンポジウム @ 東京都市ヶ谷 JSTサイエンスプラザ * 9月11日 (月) 〜 16日 (土) ハッカソン @ 岩手県盛岡市 ホテル大観 (http://www.hotel-taikan.com) NBDC/DBCLS はこれまでの十年間、BioHackathon の開催によって日本国内の研究者と海外の研究者がコラボレーションする場を提供してきました。配列解析を始めとするバイオインフォマティクスの解析技術から、データ形式の標準化やデータベース連携のための技術開発、文献データの利用技術、高度な質問応答システムなど、これまでに BioHackathon によって生まれた成果は多岐に渡ります。10周年となる今回の BioHackathon では2日間のシンポジウムを通して、バイオインフォマティクスとデータベースのこれまでの10年間を振り返り、同分野における今後の国際連携の在り方について議論します。続く5日間のハッカソンでは、例年と同じく多様なトピックについて、集中した議論と開発が行われることを期待しています。これまでに参加されたことのない方も、是非この機会にご参加ください。シンポジウムだけの参加も歓迎します。 シンポジウム、ハッカソン共に参加費は無料です。ハッカソンの交通費や食費・宿泊費については自費となります。参加を希望される方は、下のページから参加登録をお願いいたします。参加登録の締切は 7/31 となっています。 http://2017.biohackathon.org/registration その他、不明な点があれば 2017-admin@biohackathon.org までお知らせください。
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2017年度「NGSハンズオン講習会」の参加申し込みが開始されました。
例年、統合TVに収載されている「NGSハンズオン講習会」の2017年度の開催について、現在、科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)のウェブサイトから参加申し込みの受付が開始されています。 本講習会は2014年度から開催しており、Linux 上で次世代シーケンサー(NGS)データを自在に解析するための実習を行います。今年度は、ゲノムアセンブリ後の各種解析手法について日本乳酸菌学会誌のNGS連載「次世代シーケンサーデータの解析手法」第7回の一部及び第8回を中心とした講義と、メタゲノム解析、Hi-C解析についての講義を実施します。受講者には、講師指定の事前予習を行っていただきます。 なお、NGSの概論的な講義（リード、ペアエンドなどの基本的な用語やNGS原理の説明など）は省略します。過去の年度の講義資料や参考図書など参照の上、基礎知識を取得しておくことをお勧めします。 【参加申し込み期間】 2017年5月15日（月） ～ 6月23日（金） まで 場所と日時は以下の通りです。 【会場】 東京大学農学部2号館2階第1講義室 【日時】 2017年8月28日(月) ～ 9月1日(金) 10:30-18:15(予定) 【受講定員】 50名程度 【申し込み】NBDCポータル/人材支援ページ： https://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h29
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情報・システム研究機構シンポジウム「分野を超えたデータサイエンスの広がり 〜自然科学から人文社会科学まで〜」(2017年2月20日)が開催されます。
本年の情報・システム研究機構シンポジウムは、「分野を超えたデータサイエンスの広がり 〜自然科学から人文社会科学まで〜」をテーマとして取り上げ、本年度新設したデータサイエンス共同利用基盤施設の活動、大規模データ共有及びデータ解析の支援事業と人材育成について、大学、企業等からの期待と機構の活動を紹介します。 【日時】2017年2月20日（月）11時〜19時 ・講演：13時〜17時30分 ・ポスター展示：11時〜19時 【場所】東京大学 伊藤謝恩ホール（東京都文京区本郷7-3-1 東京大学内） 【参加費】無料 【詳細】http://www.rois.ac.jp/sympo/2016/
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トーゴーの日シンポジウム2016 ～統合データベース、実りの時へ～ の講演動画を公開しました。
2016年10月5-6日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2016 ～統合データベース、実りの時へ～の講演動画を 統合TV から公開しました。 全15本(事後公開2本)です。 YouTubeのリストからもご覧いただけます。
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統合データベース講習会：AJACS尾張（2017年1月31日-2月1日）の参加者募集中です
藤田保健衛生大学 生涯教育研修センター1号館 12階 IT学習室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催､DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。 現在参加者募集中です。 (申込締切：1月19日(木)まで) 今回の講習会では、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方、に加えて、パスウェイデータベースの使い方について、2日目は、次世代シーケンスデータベース、次世代シーケンス解析、遺伝子発現データベースについてご紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。 DBCLSからは、仲里 猛留 が講師として参加します。 プログラムの詳細ならびにお申し込みは AJACS尾張のページをご覧ください。
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バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会の動画を公開しました。
2016年7月19日(火) ～ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 の動画を 統合TV から公開しました。全11本、のべ約54時間の内容です。 各動画には秒数指定の目次がついており、限られた時間の中で必要な箇所だけ選んで視聴・学習することもできます。(2016年12月9日追記) YouTubeのリストも作成しました。リストを活用すると動画を連続再生することができます。またYouTube版では、Google ChromeやSafariを使うと倍速再生することが可能です。 各番組のタイトルおよびURLは下記のとおりです。 【NGSハンズオン2016】第1部 統計解析 - ゲノム解析、塩基配列解析 【NGSハンズオン2016】第1部 統計解析 - トランスクリプトーム解析1 【NGSハンズオン2016】第1部 統計解析 - トランスクリプトーム解析2 【NGSハンズオン2016】第2部 NGS解析 (初～中級) - NGS解析基礎 【NGSハンズオン2016】第2部 NGS解析 (初～中級) - ゲノムReseq、変異解析 【NGSハンズオン2016】第2部 NGS解析 (初～中級) - RNA-seq 【NGSハンズオン2016】第2部 NGS解析 (初～中級) - ChIP-seq 【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中～上級) - Linux環境でのデータ解析:JavaやRの利用法 【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中～上級) - Linux環境でのデータ解析:マッピング、トリミング、アセンブリ 【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中～上級) - クラウド環境との連携、ロングリードデータの解析 【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中～上級) - トランスクリプトームアセンブリ、発現量推定 関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページは、こちらをご覧下さい。