イベント
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2018年度「統合データベース講習会:AJACS」受入れ機関の募集が開始されました。
DBCLSのメンバーも講習会講師として多数参加している「統合データベース講習会」の2018年度の開催について、現在、科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)にて、開催機関が募集されています。 「統合データベース講習会」は、生命科学系のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。参加者は、それぞれPCを触りながらハンズオンで、データベースやツールの使い方について学びます (講習会の詳細はこちらをご覧ください)。「統合データベース講習会」は、2007年度から全国各地の大学や研究機関などで開催されています (過去の開催実績はこちらをご覧ください)。 【募集期間】 2018年2月26日（月）14：00 ～ 3月22日（木）14：00 まで 【募集件数】 数件 【応募方法】 こちらの 応募フォーム からお申し込み下さい 【費用負担】 講習会の開催に必要な費用(講師の旅費や謝礼)は、NBDCで負担します。 詳細はこちらをご覧下さい。 【お問い合わせ】 「統合データベース講習会」事務局
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統合データベース講習会：AJACS浜松（2018年1月16-17日）の参加者募集中です
浜松医科大学 臨床講義棟大講義室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催､DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。 現在参加者募集中です。 (申込締切：2018年1月10日(水)まで) 今回の講習会では、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方、NBDCヒトデータベースの紹介に加えて、パスウェイデータベース、プロテオーム関連データベース、遺伝子発現データベース、次世代シーケンスデータベース、次世代シーケンサー解析についてご紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。 DBCLSからは、箕輪 真理、坊農 秀雅 が講師として参加します。 プログラムの詳細ならびにお申し込みは AJACS浜松のページをご覧ください。
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ConBio2017にてワークショップ・フォーラムを行い、講演スライドを公開しました。
2017年12月6-9日に開催された『ConBio2017(2017年度生命科学系学会合同年次大会)』では、DBCLSメンバーがオーガナイザーとなったワークショップおよびフォーラムが行われました。 ご参加いただいたみなさま、どうもありがとうございました。発表者のご厚意により、講演スライドが公開されていますので下記にまとめています。(順次更新) [1AW01] いかにして「使える」データベースを維持し続けるか? 高木氏 「[1AW01-1] ライフサイエンス統合データベースプロジェクトから学ぶこと」 20171206ConBio_takagi(PDF) 粕川氏 「[1AW01-2] FANTOMプロジェクトおよび一細胞データベースSCPortalenにおけるデータリソース維持管理の取り組み」 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5682850 林氏 「[1AW01-3] オープンサイエンス政策とその実践が目指す研究者社会に向けて」 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5691196 新谷氏 「[1AW01-4] 論文の補足資料を越えて：リポジトリとデータジャーナルによる効果的なデータ共有」 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5687536 八塚氏 「[1AW01-5] 生命科学におけるオープンデータの理想と現実」 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5682847 露崎氏 「[1AW01-6] データベースとデータ解析の融合 ~なぜデータベースは必要か~」 https://www.slideshare.net/antiplastics/ss-83455484 DBCLS坊農 「[1AW01-7] 公共DBを利用した研究は「コロンブスの卵」である」 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5682844 [2F17] 統合データ解析環境 Galaxy を使った再現可能なデータ解析 当日の発表スライド
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NBDC バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成29年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会の動画を公開しました。
2017年8月28日(月) ～ 9月1日(金)に開催された、NBDC バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成29年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 の動画を 統合TVから公開しました。全7本、のべ約24時間の内容です。 各動画には秒数指定の目次がついており、限られた時間の中で必要な箇所だけ選んで視聴・学習することもできます。 YouTubeのリストも作成しました。リストを活用すると動画を連続再生することができます。またYouTube版では、Google ChromeやSafariを使うと倍速再生することが可能です。 各番組のタイトルおよびURLは下記のとおりです。 【NGSハンズオン2017】NGS解析(初～中級) ゲノムアセンブリ後の各種解析（前半） 【NGSハンズオン2017】NGS解析(初～中級) ゲノムアセンブリ後の各種解析（後半） 【NGSハンズオン2017】NBDC・DBCLSの各種サービス NBDCの紹介～NGS関連サービスを中心に 【NGSハンズオン2017】NBDC・DBCLSの各種サービス 今日から使える便利な生命科学系公共データベース in DBCLS 【NGSハンズオン2017】NBDC・DBCLSの各種サービス 公共NGSデータの検索と登録 【NGSハンズオン2017】NGS解析(初〜中級) メタゲノム解析 【NGSハンズオン2017】NGS解析(初〜中級) Hi-C解析 関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページは、こちらをご覧下さい。
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Biomedical Linked Annotation Hackathon(BLAH; 2018年1月10日-13日)の参加者募集中です
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) はライフサイエンス分野における文献の自動解析及びマイニング技術のインフラを整備するための国際シンポジウム・ハッカソンである第4回Biomedical Linked Annotation Hackathon (BLAH4)を開催します。 現在参加者募集中です。 (申込締切：12月15日(金)まで) 【シンポジウム】 日時：2018年1月10日（水曜日） 場所：東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト１Fホール 【ハッカソン】 日時：2018年1月11日（木曜日）ー13日（土曜日） 場所：東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト６F教室 初日の1月10日は公開シンポジウムを開催します。ライフサイエンス文献マイニングの最先端技術や将来展望に関する講演が予定されています。参加は無料ですが席に限りがありますので事前登録をおすすめします。 11日から3日間のハッカソンでは世界の関連研究機関から集められた文献解析データ（文献アノテーション）を統合及び活用する共同技術開発を行います。参加には事前登録が必要です。 プログラムの詳細ならびにお申し込みは BLAH4ホームページをご覧ください。
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統合データベース講習会：AJACS下総（2017年12月19日）の参加者募集中です
千葉大学ゐのはな同窓会館多目的ホール にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催､DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。 現在参加者募集中です。 (申込締切：12月11日(月)まで) 今回の講習会では、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方に加えて、遺伝子発現データベース、ゲノムデータベース、次世代シーケンスデータベース、次世代シーケンサー解析についてご紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。 DBCLSからは、箕輪 真理、仲里 猛留、小野 浩雅 が講師として参加します。 プログラムの詳細ならびにお申し込みは AJACS下総のページをご覧ください。
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第2回RDF講習会(2017年10月6日)を開催します。
NBDCとライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）では、多種多様な生命科学データベースを統合して利活用するための技術開発や環境整備に取り組んでおり、そのためにRDFを含むセマンティックウェブ技術の応用を推進しています。その一環として、これまで、フルRDF形式で実装したゲノムデータベースTogoGenomeや、アプリケーション開発フレームワークTogoStanza、日本で開発されたRDFデータのリポジトリNBDC RDFポータル等を公開してきました。 また昨年は、RDFの普及活動として「第1回 RDF 講習会」を開催し、RDFの入門、生命科学データベースRDF化の取り組み、RDFデータベースへの問い合わせ言語SPARQL等について講義を行いましたが、本年度もトーゴーの日と連続して「第2回 RDF 講習会」を開催します。今回はRDFの作り方をテーマにしました。基礎から解説する予定なので、特に事前知識は必要ありません。ご自身のデータをRDF化する方法、また、作成したRDFデータを既存のRDFデータと統合して利用する方法にご興味のある方は、ふるってご参加ください。 【日時】10月6日（金）10：00～16：00 【会場】JST東京本部別館2階会議室A-2（東京都千代田区五番町7 K’s 五番町） 【主催】情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） 【共催】科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC） 【参加費】無料 【参加登録】参加登録フォームからお申し込みください。 (申込締切10月2日(月)17:00まで。参加希望者多数の場合は抽選。参加可否は10月3日中にお知らせします) 【ウェブサイト】http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2 みなさまのご参加をお待ちしています。
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統合データベース講習会：AJACS河内（2017年8月24日）の参加者募集中です
関西医科大学 第一講義室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催､DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。 現在参加者募集中です。 (申込締切：8月14日(月)まで) 今回の講習会では、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方に加えて、パスウェイデータベース、遺伝子発現データベース、次世代シーケンサー解析、データ可視化について紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。 DBCLSからは、箕輪 真理、坊農 秀雅、仲里 猛留 が講師として参加します。 プログラムの詳細ならびにお申し込みは AJACS河内のページをご覧ください。
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統合データベース講習会AJACSa4つくば 開催のお知らせ
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、AJACSadvanced講習会を実施しています。その一つとして今回、農業生物におけるゲノム配列利用講習会を以下の日程にて行います。詳細は以下をご覧ください。 日時: 2017年8月10日(木) 場所: 農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター (〒305-8601 茨城県つくば市観音台２丁目１−９) 展示会議室(午前)、情報共同利用館(電農館) 3Fセミナー室 参加費: 無料 共催: 農研機構生物機能利用研究部門・SIP次世代育種技術コンソーシアム、ライフサイエンス統合データベースセンター 午前 講演（事前登録不要） 10:20-10:30 共催機関あいさつ 10:30-12:00 講演 (講師: 坊農秀雅(DBCLS)) 統合データベース活動が提供するサービスの紹介 次世代シーケンサから得られる塩基配列のデータアーカイブ Sequence Read Archive(SRA)とその使い方 午後 ハンズオン講習 （参加登録必要:会場キャパの関係上応募者多数の場合は受講をお断りする場合がございますのであらかじめご了承ください） 13:00-16:00 講習会 (講師: 内藤雄樹(DBCLS)) 遺伝子や塩基配列を検索するためのデータベース・ウェブツール（ゲノムブラウザー, GGRNA, GGGenome, 他） ゲノム編集に役立つデータベース・ウェブツール（CRISPRdirect, 他） 研究を効率化するウェブツール 17:00 部屋閉鎖 詳細や参加登録はこちらのウェブサイトからお願いします。 人数多数の場合は、各グループからの人数を調整させていただく場合があります。 なにかご不明な点などありましたら「お問い合わせ」からご送信下さい。
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トーゴーの日シンポジウム2017 ポスター発表参加者募集
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)では、毎年10月5日を「トーゴーの日」とし、ライフサイエンス分野のデータベース統合にまつわる問題をともに考え、議論を深めるシンポジウムを開催しています。 2017年度の「トーゴーの日シンポジウム2017～バイオデータベース:「作る」から「使う」へ～」では、生命科学系コンテンツに関する研究開発プログラムの開発成果を報告するとともに、データベース統合とその利活用について各分野の先生方にご講演いただきます。さらにデータベース利用者の方々による活用事例のご紹介や、国内のデータベース関係者によるポスター発表などを10月4日、5日の2日間にわたり予定しています。 そこで、本シンポジウムをより実りあるものにするため、ライフサイエンス分野にかかわらず日本国内でデータベースの開発や運用に携わる方々、あるいはデータベースを様々な形で研究に利用しているユーザの方々にご発表いただき、シンポジウム参加者とデータベースについて幅広く議論していただければと考え、ポスター発表参加者を下記募集要領のとおり広く募集いたします。特に、ユーザから活用例をご紹介いただくことは、データベースの利活用を促進し、また、今後のデータベースの開発・運用にとっても大変参考になると考えます。多くの方からの応募をお待ちしています。 1次データベースの構築・運用 複数のデータベース組み合わせ等の2次データベースの構築・運用 データベースを利用したツール開発(解析、可視化等) データベース利用による研究の効率化 【募集要項】http://events.biosciencedbc.jp/sympo/togo2017-poster-registration (申込締切:2017年7月3日(月)まで) みなさまのご参加をお待ちしています。