データベース探索のフレームワーク「TogoDX 」を開発し、その応用事例として「TogoDX/Human」を公開しました
2021. 10. 05 /
DBCLSは、NBDCと共同でデータベース探索のためのフレームワーク「TogoDX (Togo Data eXplorer) 」と、その応用事例「TogoDX/Human」 を開発し、TogoDX/Human を2021年10月5日付で公開しました。研究者の皆さま、特にバイオインフォマティクスに関わる方々のご利用と、今後の改善に向けたご意見をお待ちしています。
TogoDX/Human
https://togodx.dbcls.jp/human/
TogoDX は、生命科学分野における様々なデータベースを統合的に探索し、俯瞰するためのフレームワークです。膨大な情報を多様な属性 (attribute) によって柔軟に絞り込み、必要な情報を抽出できる新しい仕組みを目指しています。このような仕組みを実現するために技術基盤としてRDF (Resource Description Framework) 規格を採用し、異なるデータベースに由来する多数のデータセットを整理し直しています。
開発の経緯についてはこちら
今回公開する TogoDX/Human は、国内外のデータベースから収集・統合した、ヒトに関する遺伝子、タンパク質、化合物、疾患などの情報をワンストップで探索することができます。現在、約20個のデータベースに由来する50個以上の attribute が利用可能です。 TogoDX/Human によって、疾患研究などが大幅に効率化されると期待しています。
本日開催のトーゴーの日シンポジウム2021 では、NBDCの高木利久センター長による講演内で TogoDX/Human の概要が紹介されます。
図.「TogoDX/Human」 トップページ。左側のメインカラムには、約20個のデータベースに由来する50個以上の attribute が並んでいる。Attribute values を1つ以上選択し、右カラムの「View results」ボタンをクリックすると、絞り込まれた情報が表示される。この探索結果はTSV、JSON形式で出力でき、他の解析環境へ取り込んで自由に解析することができる。