ChIP-Atlas

ChIP-Atlasとは

ChIP-Atlas (http://chip-atlas.org/) は、論文などで報告された ChIP-seq データを閲覧し、利活用するためのウェブサービスです。データ処理の知識やスキルがない方でも簡単に利用できます。データソースは、公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データです。ChIP-Atlas は、九州大学大学院医学研究院 発生再生学分野 (http://www.dev.med.kyushu-u.ac.jp) と DBCLS が共同で開発しています。

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ChIP-Atlasの機能

  1. Peak Browser
    • 既報の ChIP-seq データをまとめて閲覧し、何がどこに結合しているかが一目でわかります(図2)。Integrative Genomics Viewer (IGV) によりスムーズなブラウジングが可能で、興味の遺伝子のシス調節領域を予測したり、それを制御する転写因子の予測ができます。
  2. Target Genes
    • 興味のある転写因子を選択し、その標的遺伝子候補を検索できます。
  3. Colocalization
    • 興味のある転写因子を選択し、それとゲノム上で共局在する転写因子候補を検索できます。
  4. in silico ChIP
    • ユーザデータを受け付け、既存データとの比較解析をおこないます。たとえば、興味のある遺伝子リストを submit すると、それらをまとめて制御する転写因子候補が返されます。ほかにも BED 形式のファイルや、シーケンスモチーフを submit すると、それらに enrichment する転写因子群が返されます。

上記のすべてにおいて、好きな転写因子や細胞名でデータを絞り込むことが可能です。

利用例

  • 論文として発表された ChIP-Seq データを閲覧したい
  • 興味のあるゲノム領域における、転写因子や修飾ヒストンの分布を知りたい
  • 興味のある転写因子の下流遺伝子や、複合体形成パートナーを知りたい
  • 自身の研究データと公開 ChIP-seq データを用いて比較解析をおこないたい