RefEx

RefExとは

RefEx(Reference Expression dataset)は、ヒトおよびマウス、ラットの正常組織・臓器、初代培養細胞、細胞株における遺伝子発現データのリファレンスデータセットです。

( http://refex.dbcls.jp/ )

サンプル1 サンプル2

RefExの特徴

  • 正常組織・臓器の遺伝子発現状況を ひと目で
    • 4つの異なる実験手法によって得られた最大数百種類の正常組織・臓器、初代培養細胞、細胞株における遺伝子発現データを並列に表現することで、手法間の比較とともに各遺伝子の発現量を直感的に比較することができます。馴染みのない遺伝子がどの組織・臓器で発現しているのか、どんな特徴があるのかを実際の測定データから簡単に確認することができます。
  • 調べたい遺伝子を より探しやすく よりわかりやすく
    • キーワード・遺伝子名検索では逐次的に検索語候補が提示されます。また、『転写因子』などのあるカテゴリーに属した遺伝子群について検索できます。さらに、『組織特異的遺伝子』を一覧できます。絞り込み検索を使えば、複雑な検索条件も指定可能で、目的とするデータに簡単に行き着くことができます。
  • 直感的な可視化で 新たな知識発見・仮説構築を
    • リスト機能を用いて任意で選んだ最大3つの遺伝子について、発現データを含む全ての詳細データを並列に比較することができ、遺伝子発現解析などで見出された不詳な遺伝子群の関係性を知るためのツールとしても有用です。
  • 再利用可能で有用なパブリックデータの活用例
    • RefExで使用しているデータは公的データベースの中から、正常組織・臓器における遺伝子発現データの基準とするにふさわしいデータセットを、測定サンプルの広範さなどを基準に選び出し、互いに比較できるように整理しなおしたものです。RefExが提供するすべての加工済みデータもまた出典の明記のみで自由にダウンロードおよび再利用することができます。

利用例

  • 正常組織や細胞株における遺伝子発現データを調べる。
  • 測定手法による遺伝子発現量の違いを比較する。
  • 組織特異的に発現する遺伝子をワンタッチで検索可能。
  • 遺伝子発現解析などで見出された不詳な遺伝子群の機能および関係性を調べる。

サンプル3

今後の開発予定

  • 大規模データの追加やデータセットの切り替え機能、発現データの比較機能の強化などを目的として、発現データのRDF化と高機能ビューアの開発を行っています。

参考文献

統合TV 「RefExの使い方」DOI: 10.7875/togotv.2014.009