TogoTable

TogoTableとは

EXCELなどの表形式データに記載されているバイオデータベースのID番号やアクセッション番号からアノテーション情報をネットワーク経由で取得し、元の表形式データに追加するウェブアプリケーションです

( http://togotable.dbcls.jp )

サンプル1 サンプル2

TogoTableの特徴

  • 表形式データに記載されているID番号やアクセッション番号から、関連するアノテーション情報をまとめて取得して表に追加します
  • データベースをまたいでアノテーション情報を取得することもできます
    (UniProtのアクセッション番号からPDBのアノテーション情報を取得する等)
  • 複数行のデータを一度に取得できます
  • カラムの入れ替え、表示/非表示、ソートなども可能です
  • 取得した結果をダウンロードして、EXCELなどで表示することができます

TogoTableの使い方

  1. タブ区切り形式のファイルを準備します(EXCELの場合タブ区切りテキストを指定して保存)
  2. TogoTableのページ(http://togotable.dbcls.jp/)から表データファイルをアップロードします
  3. ID番号もしくはアクセッション番号が記載されているセルをクリックします
  4. クリックしたID/アクセッション番号がどのデータベースのものかを指定します
  5. 取得したいアノテーション情報が記載されているデータベースを指定します
  6. 取得したいアノテーション項目を指定します
  7. 「merge」ボタンをクリックすると、表の右側に指定したアノテーション項目が追加されます
  8. 「Output tsv」ボタンをクリックして、取得した結果をダウンロードします

利用例

  • blast検索でヒットしてきた複数のタンパク質の詳細な情報をUniProtから取得する
  • PubMed IDからその論文に記載されているタンパク質のリストを取得する

今後の開発予定

  • アノテーション情報を取得できるデータベースを拡大していく予定です

参考文献