CRISPRdirect

CRISPRdirectとは

入力した塩基配列に対してCRISPR/Cas9システムのガイドRNAを設計することができるツールです。 (http://crispr.dbcls.jp/)
CRISPRdirect_screen

CRISPRdirectの特徴

  • 目的以外の部位で誤ってゲノム編集が起こる「オフターゲット効果」の少ないガイドRNAを効率よく設計できます。
  • 主要なモデル生物に加え、ゲノム配列が公表されている200以上の生物種に対応しています。

使い方

  • 任意の塩基配列、アクセッション番号、またはゲノムの座標を入力して [design] ボタンをクリック。
  • 標的部位の候補が表示されます。緑色にハイライト表示されたものが、特異性の高いガイドRNAを設計できる部位です。
  • 表のなかの [detail] をクリックすると、オフターゲット候補部位が表示されます。ガイドRNAとゲノムとのあいだにミスマッチや挿入・欠失がある場合についても表示することが可能です。

参考文献

  • Naito Y, Hino K, Bono H, Ui-Tei K. CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites. Bioinformatics 31, 1120-1123 (2015).
  • 統合TV「CRISPRdirectを使ってCRISPR/Cas法のガイドRNA配列を設計する」DOI: 10.7875/togotv.2014.025