DBCLS Galaxy

DBCLS Galaxyとは

Galaxyとはゲノムを中心とした生物学データを、複数のツールを組み合わせて処理できる解析ワークフローインターフェイスです。DBCLS Galaxy はライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)で開発した独自のツールやセマンティックウェブ関連ツールをGalaxyに加えたものです。プログラミングに慣れていない研究者でも使えるインターフェイスです。

( http://galaxy.dbcls.jp/ )

サンプル1 サンプル2

DBCLS Galaxyの特徴

  • 統合ウェブサービス(TogoWS)や生命科学データベース横断検索を通じて国内外の主要データ
    ベースにアクセス可能
    • TogoWSが対応している国内外の主要なデータベースからデータを取り込んだり、横断検索から 得たデータを利用して解析できます。
  • セマンティックウェブ技術(SPARQL, SADI)に対応したツール・DBが利用可能
    • SPARQL(セマンティック検索言語)やSADI(セマンティック入出力形式)に対応したツールやDBを利用することができます。
  • 文献処理ツールも利用可能
    • DBCLSで開発した文献処理ツールが組み込まれているので、データ解析のほか、文献データからの情報抽出も行えます。
  • お持ち帰りDBCLS Galaxy パッケージの提供
    • 手元のコンピュータであるいはAmazon EC2上で自分用の DBCLS Galaxy を簡単に立ち上げるパッケージを提供しています。

利用例

  • 次世代シークエンサーから得られた配列の解析に。
  • プログラミングなど計算機処理の経験の少ない生物系研究室でのデータ解析に。

今後の開発予定

  • 利用方法やツールに関するドキュメント整備を予定しています。

参考文献

  • 統合TV「DBCLS Galaxyを使って遺伝子の上流配列に存在する転写因子の予測結合領域を調べる」DOI: 10.7875/togotv.2013.053