Gendoo

Gendooとは

遺伝子、疾患について、関連する疾患、薬剤、臓器、生命現象などの特徴をキーワードでリスト表示するツールです。

( http://gendoo.dbcls.jp/ )

サンプル1 サンプル2

Gendooの特徴

  • 遺伝子や疾患を関連するキーワードでプロファイリング
    • 遺伝子や疾患についての論文を網羅的に収集。そこからキーワードを抽出しスコアリングすることで、遺伝子や疾患の特徴プロファイリングを行っています。
  • Gene Ontology ではカバーしていない疾患、臓器などの用語をカバー
    • 遺伝子の生物学的な特徴づけや解釈にはGene Ontology (GO) が一般的ですが、これは分子・細胞レベルの特徴語だけでした。Gendooを用いると、GOではわからない、疾患や臓器の観点からも特徴づけが行えます。
    • 例:APP (amyloid beta precursor protein) → アルツハイマー病(疾患)、脳(臓器)
  • 疾患もキーワードでプロファイリングしたことで特徴の比較が可能に
    • たとえば、疾患のデータベースであるOMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)は、疾患の態様が文章で書いてあるので、簡単に特徴の比較ができませんでした。Gendooを用いると、疾患どうし、遺伝子と疾患の特徴比較が簡単に行えます。(図は1型/2型糖尿病の例)

利用例

  • 見知らぬ遺伝子や疾患がどういうものか知りたいときに
  • マイクロアレイや次世代シーケンサによるデータに生物学的な解釈を加える際に

今後の開発予定

  • 化合物情報を取り入れて、遺伝子/疾患/化合物間での特徴比較ができるようにします

参考文献