高速塩基配列検索GGGenome

高速塩基配列検索GGGenomeとは

ゲノムや転写産物から塩基配列を高速に検索するツールです。 (http://GGGenome.dbcls.jp/)
GGGenome_screen

高速塩基配列検索GGGenomeの特徴

  • BLASTやBLATでは検索の難しい20塩基以下の短い配列の検索が得意です。
  • ミスマッチやギャップを含む塩基配列もすばやく検索できます。
  • ゲノムの検索は、主要なモデル生物を含む200以上の生物種に対応しています。
  • 転写産物の検索は、NCBI RefSeqに収録された全生物種のmRNA、ncRNAを検索できます。
  • 検索結果をさまざまなフォーマットで取得することができます。

REST APIの提供

  • http://GGGenome.dbcls.jp/db/k/[strand]/sequence[.format][.download]
    db : 検索対象データベース 例)hg19 (ヒトゲノム), mm10 (マウスゲノム), refseq (転写産物)
    k : 許容するミスマッチまたはギャップの数。省略時は0
    strand : ‘+’, ‘plus’ または ‘-‘, ‘minus’ で特定方向のみ検索
    sequence : 塩基配列
    format : html, txt, csv, bed, gff, json(省略時はhtml)
    download
    : 検索結果をファイルとしてダウンロード

参考文献

統合TV「高速配列検索 GGGenome《ゲゲゲノム》の使い方」DOI: 10.7875/togotv.2013.071
統合TV「GGGenome 《ゲゲゲノム》 で転写因子結合サイトを検索してゲノムブラウザに表示する」DOI: 10.7875/togotv.2015.067