PubAnnotation

PubAnnotationとは

PubMedの文書を読みながら、遺伝子名等、用語のマークアップもしくは用語間の関係をグラフで表す等、「文献アノテーション」を支援するウェブサービスです。ビジュアルアノテーター(TextAE)を用いて、簡単にアノテーションの作成・修正ができます。

( http://pubannotation.org/ )

サンプル1 サンプル2

PubAnnotationの特徴

  • PubMedとPMC からテキストを取得して簡単にアノテーションすることができる。
  • テキスト中に出現する用語(遺伝子名等)や関係情報のアノテーションができる。
  • アノテーションはテーブル、JSON、RDF等の様々なフォーマットで出力できる。

利用例

  • PubMedからabstract を取得して、遺伝子名にEntrez Geneの IDを付与する。
  • 自分のアノテーションの結果を他のアノテーションと合わせて検索する(SQL検索)
  • アノテーションをRDF形式で出力することで、他のRDFデータと一緒に検索する(RDF検索のためには他のツールを使う必要がある。)

今後の開発予定

  • 自動アノテーターと連携してさまざまな自動アノテーションができるようにする。
  • 複数アノテーションプロジェクトの内容を同時に表示できるようにする。

参考文献