Research

Written by Dr Bono in research on 月 24 12月 2018.

Research projects

Interest: Reverse engineering of signaling network controlling energy metabolisms in an omic scale.

Expertise: Data-driven approach, especially for the utilization of public databases.

List of research projects involved

System development of functional annotation (formerly prediction) of genes

  • GFIT (1996-2000)
  • Functional annotation of mouse (FANTOM) (2000-2003)
  • Kaiko annotation pipeline …

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HUB

Written by Dr Bono in profile on 土 20 1月 2018.

HUB

とは、Hidemasa U Bono のinitialである。middle initial 'U'は、以下のテーブルにあるように、「ゆう」を前に付けることで名前の4文字はすべて熟語になることに由来している(昔の友人から指摘されて気づく)。父親から聞いた話では、名前(秀雅)の方は実際にこれを狙って名付けたということである。

U english
ゆう ぼう encouraging
ゆう のう effective
excellent
elegant

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Publications

Written by Dr Bono in research on 土 20 1月 2018.

All Publications

基本的に論文発表はすべてPubMedに収録されており、このリンクから最新の論文一覧が取得可能です。

Almost all publications by Dr. Bono are stored in PubMed and you can retrieve the list from this link.

Papers not in PubMed

以下にPubMedに収録されていない論文を掲載します。

Refereed

  1. Nagashima, T., Takahashi, K., Bono, H., Okazaki, Y., and Konagaya, A. Fully-Automated Spot Recognition and Quantification from cDNA Microarray Images …

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I support Open Access

Written by Dr Bono in profile on 土 20 1月 2018.

Open Accessを支持するきっかけはStanford大とのマイクロアレイ共同研究だった。マイクロアレイを使った研究で多くのunfamiliarな遺伝子に遭遇し、それに関して書かれた論文が今で言うpaywalledなところにあり、それをなくそうというのがきっかけでPLoSを始めたのではないだろうかと思っている。PLoSとは、PublicLibraryofScienceの略称。その名の通り、科学論文に対してpublicなアクセスを求める運動で、最近はPLoSではなくPLOSとなっている。

理研時代はあまり感じなかったが(IP addressによるサイトライセンスを多数取得してくれていたおかげで)、私立医大の研究室に移ってからは読みたい論文が電子化されているのに読めないフラストレーションに苛まれた(2000年代中頃当時)。 現在はある程度図書の電子化が進み、必要なjournal(Nature, Cell, Scienceなど)は研究室から自由に読めるような環境になってきたが、自分の出した論文やそれ以外の論文も制約なくその研究成果がオープンアクセスで公開されるべきである。そういう経緯で坊農秀雅はPLoSに賛同する。以下は坊農秀雅がPLoSを支持するということを表明するポスターで、PLoSの公式ウェブサイト上に掲載されていた。現在は、PLOSのみならず、オープンアクセス全般を支持する研究者として活動している。

I choose PLOS (Bono)

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Lectures

Written by Dr Bono in lectures on 土 20 1月 2018.

講義や講演

生命科学分野における公共データベース(DB)利用促進のため、本務の統合DB活動と関係したバイオインフォマティクスやデータベース生物学関連の講演や講習会(主に統合データベース講習会AJACSを日本各地で開催して参りました。 これまでの講演や講習会は、多くは統合TVから公開されており、またそのスライド等の講習会資料もslidesharefigshareから公開しております。 それらの経験を元に書籍(「Dr.Bonoの生命科学データ解析」)としてまとめてあります。

本務専念義務 のため、基本的には 定期的な講義等はお受けできません。 まずは統合TV「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる! 研究がはかどる定番18選」等、利用可能な教材をご利用下さい。 それを越える内容をご検討の場合、個別にご連絡下さい。 ただ、DB利用普及に関する単発 の非常勤講師や講習会の講師等はお受けいたしております。

2019年度

  • 「種間トランスクリプトーム比較による有用物質を生産する昆虫の機能解析」フォーラム「虫の会(まじめ版)6:昆虫学のネクストステージ(現在から未来)」 第42回日本分子生物学会年会 福岡 (2019 …

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RNA and I in 2005

Written by Dr Bono in profile on 土 20 1月 2018.

執筆は2005年

RNAと私の10年

私事で恐縮だが、私は今年(2005年)、大学院に入ってからちょうど丸10年を迎えて区切りの年を迎えている。つまり、本格的な研究生活10周年を迎えたわけである。これまで、人との出会い、コミュニケーションに支えられて、ようやく「研究」と呼ばれるようになったものをやれてこれたと思う。文部科学省ゲノムネットワークプロジェクトの第一回公開シンポジウムの懇親会で、塩見春彦先生にこの原稿を依頼されたときに頭によぎったのが、人のつながりと研究の広がりである。こうして私が書くことになったのも、メディカル・サイエンス・インターナショナルの編集者の藤川良子さんに昨年(2004年)の分子生物学会年会で塩見先生を御紹介戴いたからだし、その藤川さんともCold Spring Harbor Laboratoryのキオスクで見つけたBioinformaticsの教科書を翻訳する際の縁で知り合いになったからである。この機会にRNAと私の因縁を中心に私の研究半生を書かせていただこうと思う。

私は情報科学系出身のように思われることが多いが、実際には大学院に入る前の半年間、卒業研究で東京大学教養学部基礎科学科の深田吉孝先生(当時)の研究室で、ウシの脾臓からcDNAライブラリーを作成して、Gタンパク質のγサブユニットの新規サブタイプのクローニングを試みていた。当時私がやるとRNAの実験はうまくいかず、「手からRNaseがたくさんでているんとちゃうか?」と言われたものだった。結局、目的の「遺伝子取り」はうまくいかないまま、卒業となってしまったが。その私が、今はマイクロアレイの実験で普通にRNAを扱っているものだから不思議なものである。

学部時代に様々な学問の触りばかりを教えられる教育を受けた私は、これまでとは違ったアプローチで生物学を研究することに興味を持つようになっていった。そんなある日、同じ学部の永山国昭先生(当時 …

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Presentations

Written by Dr Bono in presentation on 土 20 1月 2018.

研究発表

*は発表者

2019

  • 第42回日本分子生物学会年会 福岡 2019.12.3-12.6
    • *小野浩雅、池田秀也、大石直哉、坊農秀雅 公共遺伝子発現データを活用するためのウェブツール: RefExとAOE (ポスター発表)
  • 第5回蚕糸・昆虫機能利用関東地区学術講演会 府中 2019.11.16
    • *原田真侑子、坂本卓磨、坊農秀雅、伊藤克彦、天竺桂弘子 表皮で発現するカイコ(B.mori)miRNAの機能解析
    • *新堰舜、仲里猛留、坊農秀雅、岩淵喜久男、天竺桂弘子 カラタチ由来化合物の構造を変えるナミアゲハ代謝酵素の探索
  • The Biology of Genomes, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA 2019.5.7-11 …

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Welcome to Dr.Bono's website

Written by Dr Bono in misc on 土 20 1月 2018.

坊農秀雅のウェブサイト

Quick Links

坊農秀雅とは

坊農秀雅(ぼうのう ひでまさ …

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Profile

Written by Dr Bono in profile on 土 20 1月 2018.

プロフィール

イニシャルはHB、まれにHUB。2010年に東北大学で行ったキャリアパスセミナーの動画(生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで)も参照。

大学

生物に興味を持つも、具体的に何をやりたいかは決めきれずに東京大学理科2類に入学。進学振り分けの際も何を専門にしたら良いか決めかねて結局、教養学部基礎科学科第一という「教養学部の後期課程」の学科に進学。そこで興味をもったのは量子力学、統計力学、有機化学、生化学、そして分子生物学だった。分子生物学の実験研究者になることを夢見て、分子生物学で卒業研究を始めたものの、そこの大学院進学に失敗 してその夢は断たれる。

大学院

都落ちして心機一転、京都大学大学院理学研究科生物科学科(生物物理専攻)に入学。京都大学宇治キャンパスにある京都大学化学研究所にて、黎明のゲノム情報科学に触れる。折しも、その年(1995)の夏に Haemophilus influenzae のゲノムがfree-living organismのゲノムとして世界で初めて公表され、それのゲノム配列解析から研究を始めた …

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