バイオ系データ解析@localhost

統合データベースプロジェクトでは、統合ホームページ の作成、維持・管理を担うようなAJACS (All Japan Annotator/Curator/System DB administrator) な人材を教育、育成しています。

このサイトは、 ライフサイエンス系のサービス、データベースを構築、維持、管理できるようなSystem DB administrator (システムデータベース管理者)を養成するプログラム「System DB administrator 構築者養成プログラム」を2008年度に受講した記録をもとに、加筆・修正を行い、公開しています。

対象としては以下のような人たちがあげられます

  • もともとバイオ系(wet系)だが、コンピューターによる解析を行うことになった人
    • 非常にベーシックなところはカバーできていません。他にもあたりましょう。
  • もともと情報系(dry系)だが、バイオ系のデータを扱うことになってしまった人
    • とりあえず、「ポリシー」の項を見て、バイオ系データベースの現状について、他の参考書などもあたるとよいでしょう
  • もともとバイオ系(wet系)で、気軽に使えるコンピューター系の人に仕事を投げようとしている人
    • 研究を自分の手元でコントロールしたいならば、実際に何が行われているのか知るべきでしょう

関連リンク

Contents

ポリシー

基礎とか環境とか背景とかテツガクとか。

環境構築

運用

  • マシン管理編 … 日々のメンテナンスなど。セキュリティアップデート、バックアップ
  • ログ管理編
  • 更新編
  • 対応編 … 運用上 出てくるもろもろの要求にこたえるために

実践

システム

プログラミング

データベース

エディタ

応用

Ensemblをミラーする

  • 準備編 必要なPerlモジュールのインストールなど, Ensembl プログラムのインストール, データのインストール
  • 設定編 Apacheの設定, Ensemblファイルの設定

UTGBによるデータ公開

Ensemblの設定は大変だよね、ということで、東大・森下研で作られているUTGBというゲノムブラウザのプラットフォームを利用してデータを公開してみましょう。 Javaで書かれていて、ツールキットなどもあり、open source licenseで誰でも利用可能

HyperEstraier? による検索エンジン構築


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Last-modified: 2011-11-29 (火) 16:18:20 (67d)


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