Brief Bioinform. 2009 Mar;10(2):129-38. Epub 2008 Dec 6.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19060302
References
http://www.stembook.org/ 著者等の構築システム
http://www.alzforum.org/ アルツハイマー病に関するコミュニティ
http://www.schizophreniaforum.org/ 統合失調症に関するコミュニティ
http://www.w3.org/TR/rdf-primer/ RDF仕様
http://bowiki.net/ 生物医学系のコミュニティによるWiki
http://www.drupal.org/ コンテンツ管理システム drupal
http://sioc-project.org/ SIOC (SIOCオントロジーを開発、コミュニティ間での議論を繋ぐためのもの 。RDFとして出力。)
http://swan.mindinformatics.org/ SWANプロジェクト
http://sciencecollaboration.org/ SCFホームページ
Abbreviations
SCF: Science Collaboration Framework
AD: Alzheimer’s Disease
SIOC: Semantically Interlinked Online Communities Project
SWAN: Semantic Web Applications in Neuromedicine
GO: Gene Ontology
OBO: Open Biomedical Ontologies
RDF: Resource Description Framework
要点
We have developed a framework to create interoperable communities through shared ontologies
土台はコンテンツ管理システムdrupalとSWANオントロジーのサブセット。
生物医学に関するウェブコミュニティを構築中で、そこではリンクされたデータとオントロジーを用いて対話の意味的な文脈が提供される。
筆者等の構築したSCFの枠組みを用いることで、そのようなコミュニティが作れる。
コンテンツ管理システムの導入も可能。
知識発見を促す豊かな場を提供し、コミュニティ間での相互対話を可能とするべくSCF枠組みを拡張中。
We believe this approach to developing an interoperable `community of communities’ is extremely promising.
その他
類似システムとしてSIOCがあるが、生物医学分野に焦点を当てたものはない。
(特に、公開されている資料に、既にセマンティックウェブ上に存在する生物学的資源を注釈付けるものはない)
Wikiの問題点
Wikiは焦点がはっきり定まったアノテーションには良いが、blogや掲示板のようにコミュニティ間での繋がりを支援するには不向き。
すなわち、興味を持つ参加者が少数の項目も含めた意見集約、合意形成にはよく効くが、コミュニティ内で意見の相違がある事項について議論する目的ではうまく機能しない。
WikiProteinsはとても良い例であり、アルツハイマー病に関して触れると、APPの機能について合意がある項目は書かれているが、そうでないものについては何も記述がない。一方でAlzforumでは合意がなされていない事項についても述べられている。従ってアルツハイマー病の研究者にとってはWikiProteinsは有益ではない。
SWAN project
Web-based collaborative program that aims to organize and annotate scientific knowledge about Alzheimer disease (AD) and other neurodegenerative disorders. Its goal is to facilitate the formation, development and testing of hypotheses about the disease. The ultimate goal of this project is to create tools and resources to manage the evolving universe of data and information about AD in such a way that researchers can easily comprehend their larger context (“what hypothesis does this support or contradict?”), compare and contrast hypotheses (“where do these two hypotheses agree and disagree?”), identify unanswered questions and synthesize concepts and data into ever more comprehensive and useful hypotheses and treatment targets for this disease.
(Discourse categories should include research questions, scientific assertions or claims, hypotheses, comments and discussion, experiments, data, and evidence.)