Perlで標準入出力を使うことはよくあることで、use Encode;宣言をした後に、binmode STDIN, “encoding(utf8)” や open($fh, “:encoding(utf8)”, $fn) とするなどしてutf8文字が適切に処理されるようにするが、パイプを利用する場合、STDIN/STDOUT に対する binmode では適切に処理がなされないので、open関数に対する設定を用いる必要がある。たとえば、

open($fh, "-|:encoding(utf8)", $command);

とする。

また、DBIモジュールを用いたMySQLとのやりとりで適切にutf8文字を処理させるためには、DBI->connectを行う際に、mysql_enable_utf8 => 1を明示する必要がある。すなわち、

my $dbh = DBI->connect("dbi:mysql:$dbname;$host:$port", $user, $pass,
{mysql_enable_utf8 => 1});

といったイメージ。なお、これはMySQLサーバーに対するutf8の設定も適切に行われていることが条件。
MySQLコンソールで下記のコマンドを発行すると状況が確認出来る。

show variables like "char%";

これに対して以下の様な結果が得られれば問題無し。

+--------------------------+--------------------------------------------------------+
| Variable_name            | Value                                                  |
+--------------------------+--------------------------------------------------------+
| character_set_client     | utf8                                                   | 
| character_set_connection | utf8                                                   | 
| character_set_database   | utf8                                                   | 
| character_set_filesystem | binary                                                 | 
| character_set_results    | utf8                                                   | 
| character_set_server     | utf8                                                   | 
| character_set_system     | utf8                                                   | 
| character_sets_dir       | /usr/local/mysql/5.0.91/share/mysql/charsets/          | 
+--------------------------+--------------------------------------------------------+

参考サイト

• DBD::mysql