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Publications (English)

  • Muto-Fujita A., Takemoto K., Kanaya S., Nakazato T., Tokimatsu T., Matsumoto N., Kono M., Chubachi Y., Ozaki K., Kotera M. Data integration aids understanding of butterfly-host plant networks Scientific Reports, 7:43368, (2017). [PubMed] [PMC] [Full Text]
  • Kikuchi A., Nakazato T., Ito K., Nojima Y., Yokoyama T., Iwabuchi K., Bono H., Toyoda A., Fujiyama A., Sato R., Tabunoki H. Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of dry and wet bench processes BMC Genomics, 18 (1):83, (2017). [PubMed] [PMC] [Full Text]
  • Tsuyuzaki K., Morita G., Ishii M, Nakazato T., Miyazaki S, Nikaido I. MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis. BMC Bioinformatics, 16:45, (2015). [PubMed] [PMC] [Full Text]
  • Nojima Y., Ito K., Ono H., Nakazato T., Bono H., Yokoyama T., Sato R., Suetsugu Y., Nakamura Y., Yamamoto K., Sato J., Tabunoki H, Fugo H., Superoxide dismutases, SOD1 and SOD2, play a distinct role in the fat body during popation in silkworm Bombyx mori PLoS ONE, 10 (2): e0116007, (2015). [PubMed] [PMC] [Full Text]
  • Nakazato T., Ohta T., Bono H., Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the Sequence Read Archive PLoS ONE, 8 (10): e77910, (2013). [PubMed] [PMC] [Full Text]
  • Nakazato T., Bono H., Takagi T., Functional interpretation of omics data by profiling genes and diseases using MeSH-controlled vocabulary. (Review), Advances in the Study of Genetic Disorders , InTech Open Access Publisher. ISBN 978-953-307-305-7, 65-80, (2011). [Full Text]
  • Kato A., Chang MH, Kurita Y, Nakada T, Ogoshi M, Nakazato T., Doi H, Hirose S, Romero M. F., Identification of renal transporters involved in sulfate excretion in marine teleolost fish. American Journal of Physiology, Integrative and Comparative Physiology , 297 (12): R1647-59, (2009). [PubMed] [PMC] [Full Text]
  • Nakazato T., Bono H., Matsuda H., Takagi T., Gendoo: Functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary. Nucleic Acids Research , 37 (Suppl. 2) [Web Server Issue]: W166-W169, (2009). [PubMed] [PMC] [Full Text]
  • Nakazato T., Takinaka T., Mizuguchi H., Matsuda H., Bono H., Asogawa M., BioCompass: A novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes. In Silico Biology , 8 (1): 53-61, (2008). [PubMed] [Full Text] [PDF]
  • Hirata T., Kaneko T., Ono T., Nakazato T., Furukawa N., Hasegawa S., Wakabayashi S., Shigekawa M., Chang MH., Romero M. F., Hirose S., Mechanism of acid adaptation of a fish living in a pH 3.5 lake American Journal of Physiology, Integrative and Comparative Physiology , 284 (5): R1199-212, (2003). [PubMed] [Full Text]

Publications (和文)

  • 大田 達郎、仲里 猛留、 「使える」公共NGSデータをすばやく手に入れるために：SRAsと鎖鋸 日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター, 24 (March, 2012): 6-7, (2012). [Link to PDF]
  • 仲里 猛留、坊農 秀雅、 文部科学省「統合データベースプロジェクト」とPubMedを中心とした関連データベース(<特集PubMed使い倒し>) 情報の科学と技術, 60 (7): 265-71, (2010). [PDF]

Presentations

  • 仲里 猛留、坊農 秀雅、 昆虫分野におけるNGSデータのさらなる利活用のために 第61回 日本応用動物昆虫学会大会、東京、3/27−29 (2017) [Oral]
  • Nakazato T., Ohta T., Bono H., DBCLS SRA: Integrated search of public NGS database, the sequence read archive (SRA), and its relevant databases. PAG XXV (Plant and Animal Genome Conference) San Diego (US), January 14-18 (2017)
  • 仲里 猛留、 公共データベースにみる遺伝子情報とバイオリソースの情報 （フォーラム：モノ＋コト：バイオリソースとデータが 拓く今後の生命科学研究） 第39回 日本分子生物学会年会、横浜、11/30−12/2 (2016)
  • 仲里 猛留、 大田 達郎、坊農 秀雅 NGS技術の進展と登録データ トーゴーの日シンポジウム 2016、東京、10/5−6 (2016)
  • （仲里 猛留）、 トーゴーの10年：過去、現在、そして未来 トーゴーの日シンポジウム 2016、東京、10/5−6 (2016) [figshare]

    • （追加中）

  • 仲里 猛留、 ライフサイエンスデータの統合化を支えるITインフラ トーゴーの日シンポジウム 2014、東京、10/5 (2014) [Poster (A4 size)]
  • Nakazato T., Ohta T., Bono H., DBCLS SRA: Functional mining and characterization of public NGS data. ECCB'14 (European Conference on Computational Biology) Strasbourg (France), September 7-10 (2014) [Poster (A4 size)]
  • Nakazato T., Ohta T., Ono H., Naito Y., Bono H., Life science data integration and sharing in Japan Big Data in Biology (Keystone Symposia), San Francisco (US), March 23-25 (2014) [Poster (A4 size)]
  • 仲里 猛留、 NGSを用いた研究解析のためのオンラインリソースの現状 第36回 日本分子生物学会年会、神戸、12/3-6 (2013) [SlideShare]
  • 仲里 猛留、 公共NGSデータから非モデル生物のデータをより簡単に得るための検索 NGS現場の会 第三回研究会、神戸、9/4-5 (2013) [Poster (A4 size)]
  • Nakazato T., Bono H., Functional profiling of gene and disease features using MeSH controlled vocabulary. Biocuration2013, Cambridge (UK), April 7-10 (2013) [Poster (A4 size)]
  • 仲里 猛留、大田 達郎、坊農 秀雅、 Functional interface for quick access to high-quality omics data （実験情報を利用した質の高い公共オミックスデータの検索と目次サイトの構築） 第35回 日本分子生物学会年会、博多、12/11-14 (2012) [Poster (A4 size)]
  • 仲里 猛留、 低酸素研究での公共データベースのさらなる活用を目指して 第10回 がんとハイポキシア研究会、横浜、12/6-7 (2012)
  • 仲里 猛留、坊農 秀雅、 疾患の切り口から公共データベース中のNGSデータを利活用する トーゴーの日シンポジウム2012、東京、10/5 (2012) [Poster (A4 size)]
  • Nakazato T., Ohta T., Bono H., Updating the Survey of Read Archives - integrating GEO and BioProject with SRA. Genome Informatics (Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust Joint Meeting), Robinson College, Cambridge (UK), September 6-9, (2012) [Poster (A4 size)]
  • 仲里 猛留、大田 達郎、坊農 秀雅、 「使える」SRAデータにすばやくたどりつくために NGS現場の会 第二回研究会、大阪、5/23-25 (2012) [Poster (A4 size)]
  • 仲里 猛留、大田 達郎、米澤 明憲、坊農 秀雅、 Functional interface for quick access to disease-relevant NGS data 第34回 日本分子生物学会年会、横浜、12/13-16 (2011) [Poster (A4 size)]
  • Nakazato T., Ohta T., Yonezawa A., Bono H., SRAs: The Survey of Read Archives Genome Informatics (Cold Spring Harbor Laboratory Meeting), New York (US), November 2-5, (2011) [Poster (A4 size)]
  • 仲里 猛留、坊農 秀雅、高木 利久、 次世代シーケンサデータを活用するための目次データの構築 BMB2010（第33回 日本分子生物学会年会・第83回 日本生化学会大会 合同大会）、神戸、12/7-10 (2010) [Poster (A4 size)]
  • Nakazato T., Bono H., Takagi T., Functional indexing and curation of next-generation sequencing data. Genome Informatics (Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust Joint Meeting), Hixton (UK), September 15-19, (2010) [Poster (A4 size)]
  • 仲里 猛留、坊農 秀雅、松田 秀雄、高木 利久 MeSH キーワード集による疾患の特徴プロファイリング 統合データベースシンポジウム2009、東京、6/12 (2009)
  • 仲里 猛留、坂東 明日佳、坊農 秀雅、全 弘宇、 藤枝 香、畠中 秀樹、平井 信一、川本 祥子、河野 信、髙祖 歩美、 熊谷 禎洋、箕輪 真理、三橋 信孝、 永井 啓一、中尾 光輝、西川 哲夫、 岡本 忍、小野 浩雅、大内田 賢太、谷口 仁、山口 敦子、山本 泰智、 八塚 茂、大久保 公策、高木 利久、 統合データベースポータル「統合ホームページ」lifesciencedb.jp 日本分子生物学会 第9回春季シンポジウム、宮崎、5/11,12 (2009)
  • Nakazato T., Bono H., Matsuda H., Takagi T., Functional profiling of OMIM data using MeSH vocabulary (Oral and Poster), The 2008 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), Osaka, December 15-16 (2008) [Link to Movie]
  • 仲里 猛留、坊農 秀雅、松田 秀雄、高木 利久、 MeSH を用いた生物学的解釈によるマイクロアレイデータの解析の実際 BMB2008（第31回 日本分子生物学会年会・第81回 日本生化学会大会 合同大会）、神戸、12/9-12 (2008)
  • Nakazato T., Bono H., Matsuda H., Takagi T., Functional analysis of groups of genes with MeSH hierarchy Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression (Cold Spring Harbor Meeting), New York (US), March 27-30 (2008)
  • 仲里 猛留、滝中 徹、坊農 秀雅、麻生川 稔、松田 秀雄、 MeSH terms を用いた生物学的機能付与による遺伝子群の解析手法の開発 BMB2007（第30回 日本分子生物学会年会・第80回 日本生化学会大会 合同大会）、横浜、12/11-15 (2007)
  • 仲里 猛留、広瀬 茂久、 ウナギにおける硫酸トランスポーターの解析と海水適応 第74回 日本生化学会大会、京都、10/25-28 (2001)

Invited Talks

  • 東京工業大学 リベラルアーツセンター 未来型教養デザインプロジェクト ディスカッション 「未来の研究者、開発者に求められるもの」 パネリスト (2013/1/25) [Facebook Album]
  • 仲里 猛留、坊農 秀雅、 Visualization of text-based data in life science by TIBCO Spotfire - ライフサイエンス分野のテキストデータの TIBCO Spotfire による可視化 TIBCO Spotfire ワークショップ、東京、7/9 (2010)
  • MeSH用語集による新たな側面からの遺伝子、疾患の特徴プロファイリング かずさDNA研究所セミナー、千葉、1/30 (2009) [Recorded Ustream]

Lectures

  • 東京農工大学 農学部 非常勤講師 「情報処理学」担当 (2015年度〜)
  • 明治薬科大学大学院 ゲノム創薬学特論A 特別講義 「創薬研究のためのデータベース活用術：文献からの知識抽出とその応用」 (2012/10/15) [内容]
  • 統合データベース講習会 AJACSみちのく2 「遺伝子発現DB・解析ツールの紹介」、 東北大学（星稜地区）、 (2012/8/23-24) [内容]
  • 統合データベース講習会 AJACS宮崎 「遺伝子発現DB・解析ツールの紹介」、 宮崎大学（清武キャンパス）、 (2012/6/30-7/1) [内容]
  • 東京大学大学院 農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 農学生命科学情報特論I 「データベースの統合的活用術：文献情報を中心に」(2010/7/21)
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