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2018/04/02
統合TVのYouTubeにおける動画再生回数が100万回を突破しました

統合TVは、生命科学分野の有用なデータベース(DB)やツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。この統合TVは、DBCLSでのサービス開始(2007年7月)とほぼ同時に動画共有サイトYouTubeへも動画を投稿・公開してきました。(統合TV YouTube チャンネル) このたびサービス公開以来、約10年と7ヶ月で動画再生回数が、100万回を突破しました。直近の2018年第1四半期(1月〜3月)では、月間再生数が2万回超えを記録するなど、多くの皆さまにご利用いただいており、どうもありがとうございます。また、これまで公開した動画は1,423本を数えますが、再生数のトップ25動画は下記のとおりです。 4月以降、研究室に配属となる新人の方の教育用素材としても、ぜひご活用ください。

サービス広報
2018/03/26
新しいがん細胞初代培養系を用いて大腸がんの3次元構造破壊が悪性表現型を促進することを示した論文が Oncotarget誌に掲載されました

当センターの坊農秀雅特任准教授と小野浩雅特任助教が参加する、大阪国際がんセンター井上正宏部長を中心とした研究グループによる論文 "Promotion of malignant phenotype after disruption of the three-dimensional structure of cultured spheroids from colorectal cancer" が Oncotarget誌に掲載されました。論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。 https://doi.org/10.18632/oncotarget.24641 純度の高い患者がん組織由来がん細胞塊を高効率に得る新たな培養法(Cancer Tissue-Originated Spheroid(CTOS)法)を用いて、大腸がん由来の培養スフェロイドでその三次元構造が破壊されることによって悪性表現型が促進することを示した論文です。DBCLSは、公共データベースから大腸がんのマイクロアレイデータおよびそれに付随した予後に関するメタデータを収集・解析した上で、研究チームが見出した大腸がん由来培養スフェロイドの3次元構造破壊後で高発現する遺伝子リストをもとに階層的クラスタリングや生存率解析等の比較解析を行い、効率的な標的遺伝子の絞込みに貢献しています。

広報
2018/03/22
ソメイヨシノの花びらに付着した環境DNAの分析を報告する論文が出版されました

当センターの大田達郎特任研究員と川島秀一特任助教が著者として貢献した論文「Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis ‘Somei-yoshino’ across the Japanese archipelago」が Journal of Plant Research 誌に掲載されました。論文は下記 URL からご覧いただけます。 https://doi.org/10.1007/s10265-018-1017-x Nature Springer 社の提供するサービス SharedIt によって、当該誌を購読されていない方でも以下のURLから全文を読むことができます。 http://rdcu.be/HmdX 本論文はDNAシーケンシング技術の共有を目的とする研究会「NGS現場の会」の第四回研究会の企画によるものです。論文の詳細については国立遺伝学研究所ウェブサイトに掲載されているリサーチハイライトをご覧ください。

広報
2018/03/22
カイコモデル系を用いてヒト薬物吸収性を評価した論文が Drug Discoveries & Therapeutics誌に掲載されました

当センターの坊農秀雅特任准教授と仲里猛留特任助教が参加する、東京農工大学の天竺桂弘子講師を中心とした研究グループによる論文 "Construction of a simple evaluation system for the intestinal absorption of an orally administered medicine using Bombyx mori larvae" が Drug Discoveries & Therapeutics誌に掲載されました。論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。 https://doi.org/10.5582/ddt.2018.01004 カイコ(Bombyx mori)モデル系を用いてヒト薬物吸収性を評価した論文です。DBCLSは、カイコ中腸のRNA-seqデータを解析した上で、ヒト遺伝子群との比較配列解析を行いました。また、遺伝子発現解析の基準となる各遺伝子の遺伝子発現量を簡単に検索・閲覧できるウェブツールRefExに整備した理化学研究所FANTOM5プロジェクト由来のヒト小腸とhuman colon carcinoma cell line (Caco-2)の遺伝子発現プロファイルとの比較トランスクリプトーム解析も担当し、公共データベースの再利用によるデータ解析において大きく貢献しています。本研究は、国立遺伝学研究所が有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用し、また国立遺伝学研究所公募型共同研究(NIG-JOINT: 2014-A171 & 2015-A155)の支援を受けました。

広報
2018/03/14
RDFデータベース提供者と利用者の間の情報共有を促進するサービスYummyDataに関する論文が出版されました

当センターの山本泰智特任准教授と山口敦子准教授、そしてNovartis Institutes for Biomedical Researchに勤務するAndrea Splendiani氏による論文、「YummyData: providing high-quality open life science data」がDatabase誌に掲載されました。論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。 https://doi.org/10.1093/database/bay022 現在、生命科学分野においても多くのRDFデータがSPARQLエンドポイントを経由してアクセスできるようになりつつありますが、どこに、どのようなデータが収められ、そしてどの程度安定して動作しているのか、などの情報が不足しています。また、データベース提供者においては自身のデータがより多く利用されるために必要なメタデータの構築や設置方法について必ずしも熟知しているとは限りません。そこで、データベース提供者と利用者の間の情報共有を促進して以上の問題を解決するきっかけになれるように、様々な評価軸で各エンドポイントを調査し、その結果を公表するサービスがYummyDataです。この研究は、バイオハッカソンにおいて議論が始まり、国際的な共同作業を通じて行われています。今後とも生命科学分野におけるデータベースの利用環境をより良くできるようなサービスの開発を進めていきます。

サービス広報