公共の ChIP-Seq/DNase-Seq を用いた解析を行う ChIP-Atlas に関する論文が EMBO Reports 誌に掲載されました
2018. 11. 09 /
当センターの大田達郎研究員が参加する研究グループによる論文、「ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data」が EMBO Reports 誌に掲載されました。論文は下記URLからご覧いただけます。
https://doi.org/10.15252/embr.201846255
ChIP-Atlas https://chip-atlas.org は、大規模シーケンスデータのための公共データベースである Sequence Read Archive から ChIP-Seq, DNase-Seq のデータを取得し、共通の解析パイプラインで再解析したデータを集積したデータベースです。集積した再解析データを用いて、利用者はゲノムブラウザでのデータ可視化、転写因子が制御する遺伝子、共局在する転写因子の解析や、ユーザーのデータを利用したエンリッチメント解析を行うことができます。今回、ChIP-Atlas を用いた解析によって、組織特異的に発現する遺伝子を制御する転写因子の発見に繋がることを論文で示しました。ChIP-Atlas のデータは継続的に更新されており、今後さらに様々な研究で有用なデータリソース・解析アプリケーションとして活用されることが期待されます。
Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, and Chikara Meno. ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data. EMBO Reports https://doi.org/10.15252/embr.201846255