公共データベース中の低酸素刺激によるトランスクリプトームデータをメタ解析した論文がBiomedicines誌に掲載されました
2020. 01. 10 /
当センターの坊農 秀雅 特任准教授と学校法人関西医科大学 附属生命医学研究所 侵襲反応制御部門の 廣田 喜一 学長特命教授による論文 “Meta‐Analysis of Hypoxic Transcriptomes from Public Databases” がBiomedicines誌に掲載されました。 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。 https://doi.org/10.3390/biomedicines8010010
DBCLSで開発した遺伝子発現データベース目次 All Of gene Expression (AOE)を使って低酸素刺激前後のトランスクリプトームデータ(RNA-Seq)を集めた結果、ヒト128、マウス52の低酸素と常酸素の遺伝子発現データペアを作成しました。 それらに対してRNA-Seqデータ解析（メタ解析）を行ない、ChIP-Atlasより取得した細胞内が低酸素状態に陥った際に活性化される転写因子HIF-1とHIF-2のChIP-Seqによる結合サイトの解析済みデータを統合しました。 最終的な結果だけでなく全てのデータが公開されており、これらのデータは低酸素研究の重要なリソースとして活用されることが期待されます。