高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenomeパッケージ版の商用化について
2020. 03. 25 /
当センターの内藤雄樹特任助教らが開発した、高速塩基配列検索ソフトウェア「GGGenome®（ゲゲゲノム）」がこのたび商用化につながりました。
GGGenomeは、ゲノムや転写産物などの塩基配列を簡便かつ高速に検索することのできるソフトウェアです。ウェブブラウザ上で利用できるツールとしてDBCLSより公開されており、商用・非商用を問わず無償で自由に利用することができます（GGGenomeウェブ版 https://GGGenome.dbcls.jp/）。しかしGGGenomeウェブ版は、情報管理上企業等の利用者が秘匿配列を検索することが難しいという問題がありました。そこで、GGGenomeウェブ版と同様の検索を企業等の保有するコンピュータ上で実行可能な「GGGenomeパッケージ版」が、株式会社レトリバより発売されることになりました。
株式会社レトリバはこれまでGGGenomeの内部の文字列検索エンジンを開発しており、この文字列検索エンジンと、DBCLSがオープンソースとして公開するGGGenomeのフロントエンドプログラムを利用し、コンテナ型仮想化技術であるDockerを用いてGGGenomeパッケージ版を開発することにより、このたびの商用化が実現されたものです。
なお、株式会社レトリバによるGGGenomeパッケージ版の発売後も、DBCLSの公開するGGGenomeウェブ版は商用・非商用を問わず無償で自由に利用できます。
詳細は以下の資料をご覧ください。
関連リリース
- 2020年3月25日 株式会社レトリバ 「高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenome（ゲゲゲノム）パッケージ版をリリース」
- 2020年3月25日 国立研究開発法人理化学研究所 「創薬に資する霊長類のオミックスデータベースD3Gの公開」
GGGenomeは、JSTライフサイエンスデータベース統合推進事業「統合データベースにおける基盤技術開発とデータベース運用に係る共同研究」による研究開発の成果です。
また、GGGenomeパッケージ版の商用化については、AMED医薬品等規制調和・評価研究事業「ゲノム編集を利用した遺伝子治療用製品の安全性評価に関する研究（研究開発代表者 内田恵理子、研究開発分担者 内藤雄樹、他）」の支援をいただきました。