ゲノム編集のためのガイドRNA設計ソフトウェアCRISPRdirectパッケージ版の商用化について
2020. 08. 06 /
当センターの内藤雄樹特任助教らが開発した、ゲノム編集のためのガイドRNA設計ソフトウェア「CRISPRdirect®」がこのたび商用化につながりました。
CRISPRdirectは、CRISPR-Cas9システムによるゲノム編集に利用可能な特異性の高いガイドRNAを設計することのできるソフトウェアです。ウェブブラウザ上で利用できるツールとしてDBCLSより公開されており、商用・非商用を問わず無償で自由に利用することができます（CRISPRdirectウェブ版 https://crispr.dbcls.jp/）。しかしCRISPRdirectウェブ版は、ガイドRNAの設計やオフターゲット候補サイトの検索がDBCLSの保有するサーバ上で実行されるため、企業等の利用者が秘匿情報を含む遺伝子や塩基配列を入力することが情報管理の面で難しいという問題がありました。そこで、CRISPRdirectウェブ版と同様のガイドRNA設計やオフターゲット候補サイトの検索を、企業等の保有するコンピュータ上で実行可能な「CRISPRdirectパッケージ版」が、株式会社レトリバより発売されることになりました。
株式会社レトリバは、CRISPRdirectのなかでオフターゲット候補サイトの検索に利用されている塩基配列検索ソフトウェアGGGenome（https://GGGenome.dbcls.jp/）の内部の文字列検索エンジンを開発してきました（※1）。この文字列検索エンジンと、DBCLSがオープンソースとして公開するGGGenomeおよびCRISPRdirectのフロントエンドプログラムを利用し、コンテナ型仮想化技術であるDockerを用いてCRISPRdirectパッケージ版を開発することにより、このたびの商用化が実現されたものです。
なお、株式会社レトリバによるCRISPRdirectパッケージ版の発売後も、DBCLSの公開するCRISPRdirectウェブ版は商用・非商用を問わず無償で自由に利用できます。
関連リリース
- 2020年8月6日 株式会社レトリバ 「ゲノム編集のためのガイドRNA設計ソフトウェアCRISPRdirectパッケージ版を提供開始」
- 2020年3月25日 ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） 「高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenomeパッケージ版の商用化について」
※1 GGGenomeについてもパッケージ版が株式会社レトリバよりリリースされております。関連リリース「高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenomeパッケージ版の商用化について」をご参照ください。