TogoMediumを公開しました
2023. 09. 04 /
このたび、DBCLSの新サービスとして、TogoMediumを公開しました。TogoMediumは、微生物の培養培地に関する情報を集約したデータベースです。バイオリソースセンターから公開されている培地や論文などから培地情報を収集し培地成分について独自に正規化したうえで、様々な微生物情報と統合しています。
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TogoMedium の特徴
微生物培養培地の情報を生物リソースセンターや論文等から広く収集し整理して統合
製品評価技術基盤機構（NITE） NBRCおよび理化学研究所JCMから公開されている培地や、論文などから様々な培養培地の情報を収集し、整理しています。個々の培地レシピをマニュアルでキュレーションし、レシピに付与されているコメントなどからも培地成分の取得を行っています。また、一般に培地の成分の表現は正規化されておらず、自然言語で記述されていますが、それらを独自開発したオントロジーを利用して正規化を行っています。このため、複数の培地を成分レベルで比較することや、類似培地の検索などが可能になりました。
様々な条件で培地情報の検索・絞り込みが可能
系統樹や、表現型など様々な条件から、興味のある微生物（種）を絞り込み、それらを培養できる培地を検索できます。また、複数の培地成分を指定することで、それらを含む培地を絞り込むこともできます。検索した培地は、成分単位でアラインメントされて表示されます。
すべての情報がRDFで記述されているため、他のデータベースと統合利用が可能
TogoMediumに含まれる、培地、成分、微生物、表現型などすべての情報は、RDF（Resource Description Framework）形式で記述されている、セマンティック・ウェブの情報資源です。したがって、TogoMediumの提供するエンドポイントからSPARQL言語を用いて、ウェブのインターフェースでは提供していない検索も行えます。また、関連する外部のRDFデータベース（UniProt, DDBJ, PubChem, ChEBIなど）とも統合して利用することができます。