統合データベース探索のフレームワーク「TogoDX」を利用した「TogoDX/Human」をv1.1にアップデートしました
2022. 06. 20 /
TogoDX/human は、データの統合的な利活用を行う新しい提案的なアプリケーションのヒトデータ版として、2021年10月5日のトーゴーの日に公開(v1.0)しましたが、このたび、TogoDX/human v1.1を公開しました。
https://togodx.dbcls.jp/human/
v1.1でのアップデート内容は以下の通りです。
- アプリケーションの操作性向上を目的として様々な技術的な調整を行い、v1.0と比較して約1000倍の高速化を実現
- TogoDX/humanで使用されているデータセット間のIDの対応関係を掲載(図1)
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”# of alpha-helices”、”# of beta-sheets” のオリジナルデータをPDBからUniProtに変更し、単量体における”Rate of helical regions”、”Rate of beta strand regions”にそれぞれ変更
研究者の皆さま、特にバイオインフォマティクスに関わる方々のご利用と、今後の改善に向けたご意見をお待ちしています。
図1 TogoDX/Humanで使用されているデータセット間のIDリンク関係。(オリジナル版はこちら IDの変換にはTogo ID APIを使用している。Target datasetとして使用しているデータセットは大きな円で示され、経由するデータセットは小さい円で示されている。例として、Ensembl gene IDからMONDO ID に変換するルートとしては、Ensembl gene、NCBI gene、MedGen、MONDOとなる。